માળખાકીય લાક્ષણિકતાઓ અને ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન પેપ્ટાઇડ્સનું વર્ગીકરણ

Cationic transmembrane peptides એ આર્જિનિન, લાયસિન અને હિસ્ટીડાઇન જેવા કે TAT, Penetratin, Polyarginine, P22N, DPV3 અને DPV6 માં સમૃદ્ધ ટૂંકા પેપ્ટાઈડ્સથી બનેલું છે.તેમાંથી, આર્જિનિનમાં ગુઆનીડીન હોય છે, જે કોષ પટલ પર નકારાત્મક રીતે ચાર્જ થયેલ ફોસ્ફોરિક એસિડ જૂથો સાથે હાઇડ્રોજન બોન્ડ કરી શકે છે અને શારીરિક PH મૂલ્યની સ્થિતિમાં ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન પેપ્ટાઇડ્સને કલામાં મધ્યસ્થી કરી શકે છે.ઓલિગાર્ગિનિનના અભ્યાસો (3 આર થી 12 આર સુધી) દર્શાવે છે કે પટલની ઘૂંસપેંઠ ક્ષમતા ત્યારે જ પ્રાપ્ત થાય છે જ્યારે આર્જિનિનનું પ્રમાણ 8 જેટલું ઓછું હોય, અને આર્જિનિનની માત્રામાં વધારો થતાં કલાના પ્રવેશની ક્ષમતા ધીમે ધીમે વધી જાય છે.લાયસિન, આર્જિનિનની જેમ કેશનિક હોવા છતાં, તેમાં ગુઆનીડીન નથી, તેથી જ્યારે તે એકલું અસ્તિત્વ ધરાવે છે, ત્યારે તેની પટલની ઘૂંસપેંઠ કાર્યક્ષમતા ખૂબ ઊંચી નથી.ફુટાકી એટ અલ.(2001) એ જાણવા મળ્યું કે સારી પટલની ઘૂંસપેંઠ અસર ત્યારે જ પ્રાપ્ત થઈ શકે છે જ્યારે કેશનિક કોષ પટલ પેનિટ્રેટિંગ પેપ્ટાઈડમાં ઓછામાં ઓછા 8 હકારાત્મક ચાર્જ્ડ એમિનો એસિડ હોય.જો કે પટલમાં પ્રવેશવા માટે પેનિટ્રેટીવ પેપ્ટાઈડ્સ માટે હકારાત્મક રીતે ચાર્જ થયેલ એમિનો એસિડ અવશેષો આવશ્યક છે, અન્ય એમિનો એસિડ પણ એટલા જ મહત્વપૂર્ણ છે, જેમ કે જ્યારે W14 F માં પરિવર્તિત થાય છે, ત્યારે પેનેટ્રેટિનની પ્રવેશક્ષમતા ખોવાઈ જાય છે.

કેશનીક ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન પેપ્ટાઈડ્સનો એક વિશેષ વર્ગ ન્યુક્લિયર લોકલાઇઝેશન સિક્વન્સ (NLSs) છે, જેમાં આર્જીનાઈન, લાયસિન અને પ્રોલાઈનથી સમૃદ્ધ ટૂંકા પેપ્ટાઈડ્સનો સમાવેશ થાય છે અને ન્યુક્લિયસમાં ન્યુક્લિયસમાં લઈ જઈ શકાય છે.NLS ને આગળ સિંગલ અને ડબલ ટાઇપિંગમાં વિભાજિત કરી શકાય છે, જેમાં અનુક્રમે મૂળભૂત એમિનો એસિડના એક અને બે ક્લસ્ટરનો સમાવેશ થાય છે.ઉદાહરણ તરીકે, સિમિયન વાયરસ 40(SV40) માંથી PKKKRKV એ સિંગલ ટાઈપિંગ NLS છે, જ્યારે ન્યુક્લિયર પ્રોટીન એ ડબલ ટાઈપિંગ NLS છે.KRPAATKKAGQAKKKL એ ટૂંકી ક્રમ છે જે મેમ્બ્રેન ટ્રાન્સમેમ્બ્રેનમાં ભૂમિકા ભજવી શકે છે.કારણ કે મોટા ભાગના NLS ની ચાર્જ સંખ્યા 8 કરતા ઓછી હોય છે, NLSs અસરકારક ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન પેપ્ટાઈડ્સ નથી, પરંતુ જ્યારે એમ્ફિફિલિક ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન પેપ્ટાઈડ્સ બનાવવા માટે હાઈડ્રોફોબિક પેપ્ટાઈડ સિક્વન્સ સાથે સહસંયોજક રીતે જોડાયેલા હોય ત્યારે તે અસરકારક ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન પેપ્ટાઈડ્સ હોઈ શકે છે.