પોલિપેપ્ટાઇડ પેપ્ટાઇડ ચેઇનની ડિઝાઇન સ્કીમ અને સોલ્યુશન

I. સારાંશ
પેપ્ટાઈડ્સ ખાસ મેક્રોમોલેક્યુલ્સ છે જેમ કે તેમના રાસાયણિક અને ભૌતિક લક્ષણોમાં તેમની ક્રમ અસામાન્ય છે.કેટલાક પેપ્ટાઈડ્સનું સંશ્લેષણ કરવું મુશ્કેલ છે, જ્યારે અન્યનું સંશ્લેષણ કરવું પ્રમાણમાં સરળ છે પરંતુ શુદ્ધ કરવું મુશ્કેલ છે.વ્યવહારુ સમસ્યા એ છે કે મોટાભાગના પેપ્ટાઈડ્સ જલીય દ્રાવણમાં સહેજ દ્રાવ્ય હોય છે, તેથી આપણા શુદ્ધિકરણમાં, હાઈડ્રોફોબિક પેપ્ટાઈડના અનુરૂપ ભાગને બિન-જલીય દ્રાવકોમાં ઓગળવું જોઈએ, તેથી, આ દ્રાવકો અથવા બફર્સ ઉપયોગ સાથે ગંભીર રીતે અસંગત હોવાની શક્યતા છે. જૈવિક પ્રાયોગિક પ્રક્રિયાઓની, જેથી ટેકનિશિયનોને તેમના પોતાના હેતુઓ માટે પેપ્ટાઈડનો ઉપયોગ કરવા માટે સખત પ્રતિબંધિત કરવામાં આવે, જેથી સંશોધકો માટે પેપ્ટાઈડ્સની રચનાના કેટલાક પાસાઓ નીચે મુજબ છે.

પોલિપેપ્ટાઇડ પેપ્ટાઇડ ચેઇનની ડિઝાઇન સ્કીમ અને સોલ્યુશન
બીજું, કૃત્રિમ મુશ્કેલ પેપ્ટાઇડ્સની યોગ્ય પસંદગી
1. ડાઉન-રેગ્યુલેટેડ સિક્વન્સની કુલ લંબાઈ
15 થી ઓછા અવશેષોના પેપ્ટાઈડ્સ મેળવવાનું સરળ છે કારણ કે પેપ્ટાઈડનું કદ વધે છે અને ક્રૂડ પ્રોડક્ટની શુદ્ધતા ઘટે છે.પેપ્ટાઈડ સાંકળની કુલ લંબાઈ 20 અવશેષોથી વધી રહી હોવાથી, ચોક્કસ ઉત્પાદન જથ્થો એ મુખ્ય ચિંતાનો વિષય છે.ઘણા પ્રયોગોમાં, અવશેષોની સંખ્યા 20 થી નીચે ઘટાડીને અણધારી અસરો મેળવવી સરળ છે.
2. હાઇડ્રોફોબિક અવશેષોની સંખ્યામાં ઘટાડો
હાઇડ્રોફોબિક અવશેષોના મોટા પ્રમાણમાં વર્ચસ્વ ધરાવતા પેપ્ટાઇડ્સ, ખાસ કરીને સી-ટર્મિનસના 7-12 અવશેષોમાં, સામાન્ય રીતે કૃત્રિમ મુશ્કેલીઓનું કારણ બને છે.આને ચોક્કસ રીતે અપૂરતા સંયોજન તરીકે જોવામાં આવે છે કારણ કે સંશ્લેષણમાં બી-ફોલ્ડ શીટ મેળવવામાં આવે છે."આવા કિસ્સાઓમાં, બે કરતાં વધુ સકારાત્મક અને નકારાત્મક અવશેષોને રૂપાંતરિત કરવા અથવા પેપ્ટાઇડ રચનાને અનલૉક કરવા માટે પેપ્ટાઇડમાં Gly અથવા Pro મૂકવા માટે ઉપયોગી થઈ શકે છે."
3. "મુશ્કેલ" અવશેષોનું ડાઉનરેગ્યુલેશન
"ત્યાં સંખ્યાબંધ Cys, Met, Arg અને Try અવશેષો છે જે સામાન્ય રીતે સરળતાથી સંશ્લેષિત થતા નથી."Ser નો ઉપયોગ સામાન્ય રીતે Cys ના નોનઓક્સિડેટીવ વિકલ્પ તરીકે થશે.
પોલિપેપ્ટાઇડ પેપ્ટાઇડ ચેઇનની ડિઝાઇન સ્કીમ અને સોલ્યુશન

ત્રીજું, પાણીમાં દ્રાવ્યની યોગ્ય પસંદગીમાં સુધારો
1. N અથવા C ટર્મિનસને સમાયોજિત કરો
એસિડિક પેપ્ટાઇડ્સ (એટલે ​​​​કે, pH 7 પર નકારાત્મક રીતે ચાર્જ થાય છે), એસિટિલેશન (એન-ટર્મિનસ એસિટિલેશન, સી ટર્મિનસ હંમેશા મુક્ત કાર્બોક્સિલ જૂથને જાળવી રાખે છે) સંબંધિત ખાસ કરીને નકારાત્મક ચાર્જ વધારવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે.જો કે, મૂળભૂત પેપ્ટાઈડ્સ માટે (એટલે ​​કે, pH 7 પર પોઝિટિવ ચાર્જ થાય છે), એમિનેશન (એન-ટર્મિનસ પર ફ્રી એમિનો ગ્રુપ અને સી-ટર્મિનસ પર એમિનેશન) ખાસ કરીને હકારાત્મક ચાર્જ વધારવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે.

2. ક્રમને મોટા પ્રમાણમાં ટૂંકો અથવા લંબાવો

કેટલાક સિક્વન્સમાં મોટી સંખ્યામાં હાઇડ્રોફોબિક એમિનો એસિડ હોય છે, જેમ કે Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr અને Ala, વગેરે. જ્યારે આ હાઇડ્રોફોબિક અવશેષો 50% કરતા વધી જાય છે, ત્યારે તે સામાન્ય રીતે ઓગળવા માટે સરળ હોતા નથી.પેપ્ટાઈડના સકારાત્મક અને નકારાત્મક ધ્રુવોને વધુ વધારવા માટે ક્રમને લંબાવવો ઉપયોગી થઈ શકે છે.બીજો વિકલ્પ હાઇડ્રોફોબિક અવશેષોને ડાઉન રેગ્યુલેટ કરીને હકારાત્મક અને નકારાત્મક ધ્રુવો વધારવા માટે પેપ્ટાઇડ સાંકળના કદને ઘટાડવાનો છે.પેપ્ટાઇડ સાંકળની સકારાત્મક અને નકારાત્મક બાજુઓ જેટલી મજબૂત છે, તે પાણી સાથે પ્રતિક્રિયા કરવાની શક્યતા વધારે છે.
3. પાણીમાં દ્રાવ્ય અવશેષો મૂકો
કેટલીક પેપ્ટાઇડ સાંકળો માટે, કેટલાક હકારાત્મક અને નકારાત્મક એમિનો એસિડનું મિશ્રણ પાણીની દ્રાવ્યતામાં સુધારો કરી શકે છે.અમારી કંપની એસિડિક પેપ્ટાઇડ્સના N-ટર્મિનસ અથવા C-ટર્મિનસને Glu-Glu સાથે જોડવાની ભલામણ કરે છે.મૂળભૂત પેપ્ટાઇડનું N અથવા C ટર્મિનસ આપવામાં આવ્યું હતું અને પછી Lys-Lys.જો ચાર્જ કરેલ જૂથ મૂકી શકાતું નથી, તો Ser-Gly-Ser ને N અથવા C ટર્મિનસમાં પણ મૂકી શકાય છે.જો કે, જ્યારે પેપ્ટાઈડ સાંકળની બાજુઓ બદલી શકાતી નથી ત્યારે આ અભિગમ કામ કરતું નથી.